Το Διορθόδοξο Κέντρο της Εκκλησίας της Ελλάδος (ΔΚΕΕ) είναι ο επιμορφωτικός οργανισμός και το συνεδριακό κέντρο της Εκκλησίας της Ελλάδος. Υπάγεται στην Ιερά Σύνοδο και προεδρεύεται από τον Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμο. Αποτελεί Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Κανονισμός Ιεράς Συνόδου 132/1999, ΦΕΚ 236/8.11.1999). Διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο διορισμένο από την Διαρκή Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος. Πρόεδρος είναι ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος και μέλη ο εκάστοτε Αρχιερέας – Πρόεδρος της Συνοδικής Επιτροπής επί των Διορθοδόξων και Διαχριστιανικών Σχέσεων, ο Ηγούμενος της Ιεράς Μονής Πεντέλης, ένας Αρχιερέας, ένας Καθηγητής της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, ένας Ειδήμονας επί των Διορθοδόξων Σχέσεων και ο Γενικός Διευθυντής της Εκκλησιαστικής Κεντρικής Υπηρεσίας Οικονομικών (ΕΚΥΟ) που επιχορηγεί το ΔΚΕΕ.
Το Διορθόδοξο Κέντρο θεμελιώθηκε την 3η Μαΐου 1969 από τον μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Ιερώνυμο Α’ στην ανατολική πτέρυγα της Ιεράς Μονής Πεντέλης με Ηγούμενο τον αείμνηστο αρχιμανδρίτη Θεόκλητο Φεφέ. Πρώτος Διευθυντής του Διορθοδόξου Κέντρου (1971-1976) διετέλεσε ο τότε αρχιμανδρίτης Αναστάσιος Γιαννουλάτος, μετέπειτα Επίσκοπος Ανδρούσης και νυν Αρχιεπίσκοπος Αλβανίας. Ηγούμενος της Ιεράς Μονής Πεντέλης (1974-1994) διετέλεσε ο μετέπειτα Ζακύνθου και πάλι Δωδώνης κ. Χρυσόστομος (Συνετός), και μετέπειτα Διευθυντής του Διορθοδόξου Κέντρου (1976-1999) ανέλαβε ο τότε Τιτουλάριος Μητροπολίτης Γαρδικίου και νυν Μητροπολίτης Περιστερίου κ. Χρυσόστομος (Ζαφείρης). Ο Θεοφιλέστατος Επίσκοπος Θερμοπυλών κ. Ιωάννης (Σακελλαρίου) ανέλαβε Ηγούμενος της Ιεράς Μονής Πεντέλης (1994) και Διευθυντής του Διορθοδόξου Κέντρου (1999-2009).
Οι διατελέσαντες Αρχιεπίσκοποι Αθηνών και Πάσης Ελλάδος μακαριστοί Ιερώνυμος Α’, Σεραφείμ και Χριστόδουλος συνέβαλλαν τα μέγιστα στην λειτουργία του Διορθοδόξου Κέντρου, ο πρώτος με την προσωπική του έμπνευση για την σύσταση του μοναδικού μέχρι σήμερα στην επικράτεια της Εκκλησίας της Ελλάδος συνεδριακού κέντρου διορθόδοξης εμβέλειας, ο επόμενος με την παροχή αμέριστης συμπαράστασης επί είκοσι πέντε συναπτά έτη και ο διάδοχος του με την ανακαίνιση των παλαιωμένων κτηριακών εγκαταστάσεων (2003-2005) και την περαιτέρω επέκταση τους στον περίβολο της φιλόξενης Ιεράς Μονής Πεντέλης, η οποία σεμνύνεται και επιχαίρει για το θυγατρικό της ίδρυμα, το Διορθόδοξο Κέντρο της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Ο νυν Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμος Β’ από την ανάρρηση του (2008) περιέβαλλε με περισσή φροντίδα το Διορθόδοξο Κέντρο και ανέθεσε σε αυτό την ενεργοποίηση των δραστηριοτήτων του και την επέκταση τους στον καίριο τομέα της επιμόρφωσης κληρικών και λαϊκών στελεχών της Εκκλησίας προκειμένου να αντιμετωπισθούν τα οξυμένα προβλήματα της εποχής μας σε γόνιμο διάλογο με την κοινωνική πραγματικότητα, τις ορθόδοξες εκκλησίες, τις ετερόδοξες ομολογίες, τις θρησκευτικές παραδόσεις και την πολυπολιτισμική επικαιρότητα όπως αυτή διαγράφεται σήμερα στον τόπο μας με την οικονομική μετανάστευση.